学校前身为仲恺农工学校，是第一次国共合作时期，近代民主革命先驱何香凝先生等提议、国民党中央为纪念廖仲恺先生爱护农工的意愿而决定创办的。学校于1927年招生，何香凝先生首任校长15年。1984年，经教育部、农牧渔业部批准，学校升格为本科院校，定名“仲恺农业技术学院”，国家副主席王震同志题写校名。2008年3月，经教育部批准，更名“仲恺农业工程学院”。

　　为争取社会各界支持办学，促进学校发展，1987年4月，根据国家副主席王震提议，经中共广东省委同意，成立了学校董事会，王震任名誉董事长，广东省省长叶选平任第一届董事会董事长。此后，历届学校董事长均由在任广东省省长担任，现任董事长为马兴瑞省长。董事会成员包含有国家领导人、省部级领导以及港澳知名人士。

　　学校的建设和发展备受各级领导和社会各界的高度重视与关心。党和国家领导人叶剑英、邓小平、杨尚昆、王震先后为校园内的廖仲恺何香凝纪念馆、廖仲恺铜像、何香凝汉白玉塑像和廖仲恺纪念碑题字。国家主席杨尚昆，全国人大常委会副委员长廖承志、何鲁丽、周铁农、万鄂湘，全国政协副主席廖晖、霍英东、马万祺、齐续春、郑建邦等多次亲临学校视察指导工作。海内外各界人士深怀对廖仲恺、何香凝及其开创事业的崇敬和景仰，不断给予精神和物质上的大力支持，霍英东、马万祺、何厚铧、崔世安、曾宪梓、何鸿燊、杨钊、刘宇新等一批港澳社会贤达为学校捐资兴建实验楼、图书馆、教学楼等，添置教学科研和医疗卫生设备，设立奖教学金，为学校办出特色、办出水平不遗余力。

　　学校现有专任教师1420人，专任教师中具有博士学位的教师比例为37.97%;现有柔性引进院士8名，国家十百千万人才工程第二层次人选1人，973首席科学家1人，珠江学者讲座教授5人，珠江学者特聘教授1人，青年珠江学者2人，广东特支计划青年拔尖人才2人，全国优秀教师3人，广东省教学名师3人、南粤优秀教师(教育工作者)15人，广东省高校“千百十工程”省级培养对象12人，广东省高校优秀青年教师15人，广州珠江科技新星5人，省级科技创新团队10个，广东省现代农业产业技术体系创新团队7个。学校图书馆藏书124.8万册，电子图书4.16万种，各种类型数字资源库43个。

　　学校于2006年1月获得硕士学位授权单位，2009年1月被教育部评为本科教学工作水平评估优秀学校。学校现设有17个二级学院，1个教学部和华南地区最大的雅思考点(IELTS);拥有博士后科研工作站1个、博士工作站1个、一级学科硕士学位授权学科9个、硕士专业学位类别5个、本科专业62个(其中，国家级特色专业2个、国家级卓越人才培养计划(项)1个，省级一流专业8个、省级特色专业12个)。学校面向全国16个省市招生，有全日制本科生、研究生23733人。

　　学校拥有省级重点学科4个，省“强特色”学科3个，珠江学者设岗学科6个，省级重点实验室2个，省级科研平台53个，省级精品课程、精品资源共享课程27门。近年来，获国家自然科学基金项目33项，国家社会科学基金项目3项;获国家科技进步奖二等奖2项，广东省科学技术奖二等奖12项、三等奖4项，教育部科技奖(自然科学)一等奖1项，广东省农业技术推广奖一等奖2项、二等奖13项、三等奖8项，全国农林牧渔丰收奖三等奖1项，神农中华农业科技奖二等奖、三等奖各1项，中国产学研合作创新成果奖二等奖1项;通过国家级品种审定3个，通过省级品种审定25个;获得授权专利632项;被SCI/EI/ISTP三大索引收录论文699篇，出版学术专著69部。

　　九十多年来，学校为国家经济社会发展培养了一大批优秀人才，其中包括基层农业技术干部、专家、学者以及省部级领导干部，中国工程院院士曾溢滔、原农业部部长陈耀邦等就是其中的杰出代表。

　　学校先后与英国利物浦大学、诺丁汉大学、布鲁内尔大学、布莱顿大学、爱丁堡龙比亚大学，美国夏威夷大学、威斯康星大学、圣道大学、密苏里大学，加拿大圭尔夫大学，澳洲中央昆士兰大学，新西兰林肯大学、梅西大学，日本创价大学，白俄罗斯国立工业大学，德国富克旺根艺术大学，意大利佛罗伦萨大学等建立了友好互访、人才培养及学术合作关系。

　　近年来，学校被评为广东省依法治校示范校、安全文明校园、全国暑期“三下乡”社会实践先进单位、全国无偿献血贡献奖金奖单位、广东省回乡大学生开展农业科技下乡活动先进单位、广东省青年志愿服务优秀集体，在人才培养和社会服务方面得到了社会广泛认可。